Η πρώτη περσική εισβολή στην Ελλάδα διεξήχθη σε δύο φάσεις (492/490 π.Χ), κατά τη διάρκεια των Περσικών Πολέμων. Οι Πέρσες εισέβαλλαν στην Ελλάδα, υπό τις διαταγές του Δαρείου Α', με σκοπό να τιμωρήσουν την Αθήνα και την Ερέτρια, οι οποίες είχαν βοηθήσει τους Ίωνες κατά την Ιωνική Επανάσταση. Η πρώτη εκστρατεία, η οποία διεξήχθη το 492 π.Χ, είχε ως αποτέλεσμα τη κατάληψη της Θράκης και της Μακεδονίας από τον Μαρδόνιο, ωστόσο ο περσικός στόλος καταστράφηκε στο Όρος Άθως μετά από θαλασσοταραχή. Η δεύτερη επίθεση διεξήχθη δύο χρόνια αργότερα, με διοικητές τον Δάτη και τονΑρταφέρνη και είχε ως αποτέλεσμα την κατάληψη της Νάξου, των Κυκλάδων και τον εμπρησμό της Ερέτριας. Ωστόσο, οι Αθηναίοι πέτυχαν αποφασιστική νίκη στον Μαραθώνα και έδιωξαν τους Πέρσες απ' την Ελλάδα. Ο Δαρείος ετοιμάστηκε να επιτεθεί εκ νέου, ωστόσο η εξέγερση στην Αίγυπτο και ο θάνατος του ματαίωσαν τα σχέδια του. Την ηγεσία του περσικού στρατού και στόλου ανέλαβε ο Ξέρξης, ο οποίος επιτέθηκε στην Ελλάδα το 480 π.Χ.Κύρια πηγή για τους Περσικούς πολέμους αποτελεί ο Έλληνας ιστορικός Ηρόδοτος. Ο Ηρόδοτος, γνωστός ως «Πατέρας της Ιστορίας», γεννήθηκε το 484 π.Χ. στην Αλικαρνασσό της Μικράς Ασίας, η οποία εκείνη την περίοδο βρισκόταν υπό περσική κατοχή.
Έγραψε το έργο «Ιστορίαι» γύρω στα 440-430 π.Χ, προσπαθώντας να ανακαλύψει τις πραγματικές αιτίες των Περσικών πολέμων, οι οποίοι ολοκληρώθηκαν το 450 π.Χ. Η μέθοδος του Ηρόδοτου αποτελούσε καινοτομία και σύμφωνα με μερικούς ιστορικούς, ο Ηρόδοτος έχει εφεύρει την ιστορία που ξέρουμε. Κατά τον Παπαρρηγόπουλο: «Ο Ηρόδοτος είναι ο δημιουργός της αληθούς ιστορικής τέχνης...πρώτος ενόησεν ότι η ιστορία δεν είναι απλούς πραγμάτων κατάλογος, αλλά και η τεχνική των πραγμάτων τούτων συναρμολόγηση και η εξήγησις του χαρακτήρος αυτών». Κατά τον Τομ Χόλλαντ: «Για πρώτη φορά, ένας ιστορικός αποφάσισε να αποκαλύψει τα αίτια ενός πολέμου, ο οποίος έληξε πρόσφατα, χωρίς να καταγράφει μύθους, αλλά αιτίες, τις οποίες θα μπορούσαμε να ελέγξουμε προσωπικά»
Ο Θουκυδίδης είχε αμφισβητήσει το έργο του Ηροδότου, καθώς η προσωπική άποψη του τελευταίου εμφανιζόταν συχνά στο έργο του.Παρ' όλ' αυτά, ο Θουκυδίδης αποφάσισε να ξεκινήσει το έργο του εκεί όπου ο Ηρόδοτος σταμάτησε (στην πολιορκία της Σηστού) αλλά σταμάτησε την προσπάθεια, επειδή πίστευε ότι το έργο του Ηροδότου δεν χρειαζόταν επαναγραφή ή διορθώσεις, γιατί ήταν ακριβές.Η αξιοπιστία του Ηροδότου έχει αμφισβητηθεί και από άλλους ιστορικούς. Ο Παυσανίας, στα Φωκικά, αναφέρεται στην περιγραφή του Ηροδότου για τη μάχη των Θερμοπυλών, όπου ο δεύτερος καταγράφει ότι οι Θηβαίοι παραδόθηκαν, όπως και 80 Μυκηναίοι. Ο Πλούταρχος, στο έργο Περί της Ηροδότου κακοήθειας (αν όντως το έγραψε αυτός), κατηγορεί τον Ηρόδοτο επειδή ο τελευταίος ζήτησε χρήματα από τους Θηβαίους, και επειδή δεν τα έλαβε, έγραψε ότι οι Θηβαίοι δείλιασαν και παραδόθηκαν. Οπωσδήποτε οι κατηγορίες που εκτοξεύει το σύγγραμμα αυτό κατά του Ηροδότου κάθε άλλο παρά σοβαρές είναι. Την περίοδο τηςΑναγέννησης, παρά το γεγονός ότι οι άνθρωποι συνέχιζαν να διαβάζουν το έργο του Ηροδότου, ο ιστορικός είχε κακή φήμη.Παρ' όλ' αυτά, τα αρχαιολογικά ευρήματα επιβεβαίωσαν τα γραφόμενα του Ηροδότου και αποκατέστησαν τη φήμη και την αξιοπιστία του, ειδικά ως προς τα γεγονότα που εξέτασε αυτοπροσώπως. Οι σύγχρονοι ιστορικοί θεωρούν το έργο του αξιόπιστο, αλλά έχουν αμφιβολίες για τους αριθμούς των νεκρών και τις ημερομηνίες των μαχών.
Ο ιστορικός Διόδωρος Σικελιώτης έγραψε τον 1ο αιώνα π.Χ. τη Βιβλιοθήκη Ιστορική. Θεωρείται ότι ο Ηρόδοτος και ο Έφορος ο Κυμαίος αποτελούν τις πηγές του Διόδωρου.Η μάχη περιγράφεται με λιγότερες λεπτομέρειες από σειρά αρχαίων ιστορικών, όπως ο Πλούταρχος και ο Κτησίας, ενώ αποτελεί το θέμα της τραγωδίας Πέρσαι του Αισχύλου. Αρχαιολογικά ευρήματα, όπως η δελφική Στήλη των Όφεων, υποστηρίζουν τα αναφερόμενα από τον Ηροδότο..
Οι ρίζες της εχθρότητας Ελλήνων και Περσών βρίσκονται στην Ιωνική Επανάσταση. Οι Πέρσες, αν και η αυτοκρατορία τους ήταν σχετικά νέα, κατέπνιγαν βίαια τις επαναστάσεις των υποτελών τους. Σύμφωνα με τους ιστορικούς, ο Δαρείος ήταν σφετεριστής, ο οποίος πέρασε τα περισσότερα χρόνια της ζωής του στους πολέμους εναντίον των εξεγερμένων υποτελών του.Πριν την Ιωνική Επανάσταση, ο Δαρείος κατέλαβε τη Θράκη και ανάγκασε τη Μακεδονία να συμμαχήσει μαζί του. Η Ιωνική Επανάσταση απείλησε τη σταθερότητα της Περσικής Αυτοκρατορίας, γι' αυτό και ο Δαρείος ορκίστηκε να τιμωρήσει τις ελληνικές πόλεις που συμμετείχαν σ' αυτή, όπως η Αθήνα και η Ερέτρια.Η επανάσταση ξεκίνησε μετά την αποτυχημένη πολιορκία της Νάξου από τον Μιλήσιο τύραννο Αρισταγόρα και τον Αρταφέρνη (πατέρα του Αρταφέρνη που συμμετείχε στη μάχη του Μαραθώνα).Ο Αρισταγόρας είχε κηρύξει τη Μίλητο δημοκρατία - το παράδειγμα του ακολούθησαν και άλλες ιωνικές πόλεις. Τότε, ο Αρισταγόρας πήγε στην Ελλάδα για να ζητήσει βοήθεια - μόνο η Αθήνα και η Ερέτρια δέχθηκαν να βοηθήσουν.
Η Αθήνα συμμετείχε στην επανάσταση των Ιώνων μετά από μεγάλη πολιτική ταραχή. Το 510 π.Χ, οι Αθηναίοι με τη βοήθεια του βασιλιά Κλεομένη έδιωξαν τον τύρρανο Ιππία, ο οποίος ζήτησε τη βοήθεια του Πέρση σατράπη Αρταφέρνη, αφού του υποσχέθηκε να δώσει την Αθήνα στους Πέρσες. Παράλληλα, ο Κλεομένης προσπάθησε να προωθήσει τον Ισαγόρα στην εξουσία της Αθήνας έναντι του Κλεισθένη, ο οποίος πρότεινε την εγκαθίδρυση της δημοκρατίας - αυτή η πρόταση είχε ως αποτέλεσμα την εξορία του Κλεισθένη και της οικογένειας του. Ο Κλεομένης προσπάθησε με τη βία να προωθήσει τον Ισαγόρα στην εξουσία. Τότε, οι Αθηναίοι ζήτησαν τη βοήθεια του Αρταφέρνη, ο οποίος τελικά ζήτησε την υποταγή της Αθήνας στους Πέρσες. Οι Αθηναίοι πρεσβευτές συμφώνησαν, αν και καταδικάστηκαν γι' αυτό. Μετά από αποτυχημένη προσπάθεια να επανέλθει στην εξουσία της Αθήνας, ο Ιππίας προσπάθησε να πείσει τους Πέρσες να επιτεθούν στην Αθήνα. Όταν ο Αρταφέρνης πρότεινε ξανά στους Αθηναίους να επαναφέρουν τον Ιππία στην εξουσία, οι τελευταίοι κήρυξαν τον πόλεμο στην Περσία. Κατά τον Ηρόδοτο, οι Ερετριείς υποστήριξαν την εξέγερση επειδή οι Μιλήσιοι τους είχαν βοηθήσει σε ένα πόλεμο με τη Χαλκίδα.
Από την Αθήνα στάλθηκαν είκοσι τριήρεις, ενώ άλλες πέντε στάλθηκαν από την Ερέτρια.[22] Οι Έλληνες κατάφεραν να καταστρέψουν τις Σάρδεις, ωστόσο, ο ελληνικός στρατός καταστράφηκε. Η Ιωνική Επανάσταση έληξε με νίκη του περσικού στόλου το 493 π.Χ και αργότερα ο Δαρείος επέκτεινε την αυτοκρατορία του στο Ανατολικό Αιγαίο και στηνΠροποντίδα. Όταν ολοκληρώθηκε η Ιωνική Επανάσταση, ο Δαρείος ετοίμασε στρατό για να εκδικηθεί την Αθήνα και την Ερέτρια.!!